Soortenbescherming Nederland is een samenwerkingsverband van zes organisaties, aangevuld met diverse agendaleden. Om haar doelen te bereiken werkt Soortenbescherming Nederland ook nauw samen met de volgende organisaties:

De VOFF
Stichting VeldOnderzoek Flora en Fauna (VOFF) is het samenwerkingsverband van tien Particuliere Gegevensbeherende Organisaties, de PGO's. Deze PGO's verzamelen gegevens van alle in Nederland voorkomende soorten planten en dieren. De landelijke databanken van de PGO's bevatten ca. 80% van alle digitaal beschikbare natuurgegevens in Nederland. De gegevens, de kennis en de expertise van de PGO's wordt ingezet ten behoeve van de natuur: voor voorlichting, beheer, beleid en onderzoek. VOFF verzorgt de verzameling, het beheer en het verantwoord gebruik van gegevens; Soortenbescherming Nederland houdt zich bezig met bescherming. 

Landschapsbeheer Nederland (Convenant ‘Samenwerken aan soortenbeheer’, oktober 2002)
Voor het uitvoeren van maatregelen binnen maar vooral buiten natuurgebieden is de kennis, ervaring en motivatie van Landschapsbeheer Nederland van groot belang. Bovendien is Landschapsbeheer Nederland zelf ook actief in het beschermen van soorten met weidevogels en Steenuil als sprekende voorbeelden. Met vele duizenden vrijwilligers verenigd in honderden werkgroepen staat Landschapsbeheer Nederland voor betrokkenheid, toegewijde capaciteit en een krachtige lokale netwerken.

Provincies
Soortenbescherming Nederland streeft naar regelmatig overleg met provincies en de provinciale werkgroepen soortenbeleid in het kader van de Leefgebiedenbenadering. De provinciale uitvoeringsplannen en de door Soortenbescherming Nederland in samenwerking met terreinbeheerders en provincies opgestelde uitvoeringsagenda ‘Werken aan soorten’ zijn de leidraad voor gezamenlijke initiatieven om soorten beter te beschermen.

VNO-NCW, de HISWA Vereniging, het AVBB, de VNP en en Koninklijk Horeca Nederland
VNO-NCW, de HISWA Vereniging, het AVBB, de VNP en en Koninklijk Horeca Nederland hebben in 2003 overlegd met de Stichting Natuur en Milieu, een groot aantal Provinciale Milieufederaties, Vereniging Natuurmonumenten, Staatsbosbeheer, De Landschappen en de organisaties uit Soortenbescherming Nederland over door bedrijven ervaren problemen bij de uitvoering van de soortenbeschermingswetgeving in Nederland. Op basis van dit overleg hebben ze aanbevelingen gedaan ter vebetering van de uitvoeringspraktijk.

Bouwend Nederland
Bouwend Nederland heeft een convenant getekend met Soortenbescherming Nederland

Onze agendaleden zijn:
Landschapsbeheer Nederland
SOVON Vogelonderzoek Nederland
BLWG (Vereniging voor mossen- en korstmossenonderzoek in Nederland)
De 12Landschappen
Natuurmonumenten
Staatsbosbeheer
Werkgroep Grauwe Kiekendief